Über die Forschungsabteilung ist derzeit noch nicht viel bekannt. Chefwissenschaftler des Marinehauptquartiers war Dr. Vegapunk, das "Genie der Regierung". Hier werden zum Beispiel Seesteine oder Teufelsfrüchte erforscht um ihre Wirkung zu studieren. Außerdem entwickelt die Forschungsabteilung die neusten Technologien, welche der normalen Bevölkerung rund 500 Jahre voraus sind.